这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里,托尼(卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰)和米歇尔(蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰)结婚了,并且成为了CTU的主管,而杰克(基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰)的女儿金姆也加入CTU成为了一 名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国政府释放自己的哥哥,以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面,杰克的调查并不顺利,为了打入毒贩内部,杰克不惜染上毒瘾,这导致他在调查中困难重重。而白宫方面,获得连任的鲍尔默总统(丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰)康复后身边多出了一位私人医生女友,而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手,在连任压力面前,又要化解这场生化危机。总统还能像前几次那样给予杰克强有力的支持吗?
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